Levantada sobre una mezquita, la ermita de San Sebastián fue construida en 1218. En este enclave tuvo lugar la entrega de las llaves de Granada el 2 de enero de 1492, por parte de Boabdil a los Reyes Católicos, celebrándose aquí la primera misa en la ciudad, tras los ocho siglos de dominación musulmana.

La ermita fue posteriormente dedicada al culto de San Sebastián, pero conserva su estructura original. Se trata de una rabita o morabito, lugares a los que se retiraban personas de gran religiosidad para dedicarse a la meditación y a la oración, rechazando el contacto con el mundo exterior.

El edificio presenta una planta casi cuadrada, construido con argamasa -mezcla de cal, arena y agua-, abriéndose en cada uno de sus cuatro lados un hueco, aunque sólo uno sirve de acceso al templo: un arco de herradura enmarcado por un alfiz. El espacio interior se cubre con una cúpula de media naranja, realizada en ladrillo y apoyada en cuatro trompas.

En 1615 se decoró con pinturas de estilo mudéjar, que fueron retiradas en una restauración realizada en 1933. Se cierra el edificio con un tejado a cuatro aguas, con una espadaña que alberga la campana.

A mediados del siglo XIX la ermita pasó a manos del Ayuntamiento, siendo arrendada a unos particulares que la convirtieron en taberna. El 31 de junio de 1931 fue declarada Monumento Histórico Artístico. En la actualidad, pertenece a la parroquia de San José de Calasanz, siendo lugar de misa los domingos y festivos.