El palacio de los Abencerrajes se construyó en el periodo de Muhammad II (1272-1303). Perteneció el palacio a esta noble familia nazarí, los Banu Sarray, allegada al poder como muestra que tuviera su ubicación en la misma medina real adosado a la muralla meridional. Los Reyes Católicos lo concedieron a don Juan Chacón, Adelantado de Murcia, y Contador de la Alhambra, por lo que se le conoció desde entonces como casa del Contador. En el siglo XVIII se arruinó. Mª Angustias Moreno Olmedo halló su localización en un documento del Archivo de la Alhambra, y Jesús Bermúdez Pareja comenzó su excavación a partir de 1950.

La zona principal la forma un patio centrado por una gran alberca paralela a la muralla. Al S. se abría un pabellón con tres salas que daba paso a la estancia principal tripartita situada dentro de la torre. Este esquema tripartito se repetirá después en la sala de los Abencerrajes del palacio de los Leones. Restan por excavar aún las zonas occidental y septentrional.

Al E. de la zona principal se halla adosada una pequeña vivienda con estancias en torno a un patio central con una pequeña alberca. Ha sido excavada por Antonio Malpica en 1990-1991.

El sector oriental del palacio está ocupado por un doble baño, uno primitivo y otro construido en la época de Yusuf I (1325-1354). Ya hemos comentado anteriormente que los baños árabes copian la estructura de las termas romanas. Del baño primitivo, más pequeño, queda sobre todo la zona caliente con los pilares del hypocausis y la caldera y leñera. El baño mayor se erige siguiendo la moda impuesta por el baño del palacio de Comares.

La sala de entrada o de reposo estaba coronada por una linterna y tenía un piso alto como podemos comprobar en la escalera conservada, siguiendo el mismo esquema que el baño de Comares. Hay un pequeño aljibe separado de esta sala por una cámara antihumedad. Un pasillo da paso a un retrete y a la sala fría que tenía alcobas laterales con columnas embutidas en los muros. La sala templada también tenía alcobas laterales y una pequeña pila para lavarse los pies en el ángulo SO. La sala caliente también tenía alcobas laterales conservando los pilares del hypocausis y la zona de calderas. Hay que destacar que se han salvado gran cantidad de azulejos y alicatados que le darían un rico colorido al baño. En 1985 fue restaurado y consolidado este baño por Javier Gallego Roca.

Fuera del palacio, en la zona septentrional, halló Leopoldo Torres Balbás en 1929 un silo, y en la década de 1970 excavó Basilio Pavón Maldonado un diminuto baño que conserva algunas piezas de alicatado en su pila.

El palacio árabe del exconvento de San Francisco seguía un esquema de palacio cruciforme como el del Generalife, ambos construidos por Muhammad III (1303-1309), tipología que llegará a su culmen en el patio del palacio de los Leones erigido hacia 1370 por Muhammad V. Toda la zona oriental fue excavada por Leopoldo Torres Balbás antes de la restauración del convento. Era un palacio centrado por un patio alargado en forma de cruz, atravesado por la acequia. Tenía galerías porticadas y salas en sus testeros, de la que se conserva la oriental o Sala Árabe, y un espléndido Mirador en la crujía septentrional, con una maravillosa vista de la almunia del Generalife.

Delante del mirador hay una espléndida bóveda de mocárabes, justo encima del lugar que fue enterramiento temporal de los Reyes Católicos. Si pensamos que el uso de las bóvedas de mocárabes se extendió en el segundo reinado de Muhammad V (1362-1392), recordemos el palacio de los Leones, podríamos pensar que el gran reformador de la medina de la Alhambra, Muhammad V, también quiso dejar su impronta en este palacio al volver al gobierno. Esta hipótesis hará falta demostrarla más adelante con textos y datos arqueológicos, si aparecen.

Tiene el palacio un bello baño, en bajo, excavado por Francisco Prieto-Moreno en 1949 cuando estaba construyendo las nuevas estancias del Parador. Se hallaron todas sus salas en excavación (al-bayt al-maslaj o sala de desvestirse o descanso, al-bayt al-barid o sala fría, al-bayt al-wastani o sala templada, y al-bayt al-sajun o sala caliente), y en algunas de ellas quedan restos de alicatados de variados colores.